Je crois d'ailleurs que c'est une des choses les plus "chiante" pour un internaute. En effet à la suite d'une réduction d'une fenêtre de navigation ou quand un site a un peu "obligé" IE à s'ouvrir avec une certaine taille, cette taille demeure avec les nouvelles fenêtre et cela même en la redimensionnant.
Pour résoudre définitivement cette galère voici la procédure:
Faites Démarrer / Executer / et tapez "regedit"
Ensuite recherchez la clé:
HKEY_CURRENT_USER/ Software/ Microsoft/ Internet Explorer/ MainSupprimez la valeur
Window_Placement en cliquant dessus avec le bouton droit de la souris et en choisissant la commande Supprimer.
Plus qu'à refermer le registre pour une bonne prise en compte.
Et pensez à faire une sauvegarde de la partie du registre que vous changez avant de faire quoi que ce soit.

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